Es socio del estudio Shen Contreras y Reyes Limitada (SCR Abogados) donde lidera los grupos de práctica de propiedad intelectual, privacidad y derecho farmacéutico.

En el plano académico, es profesor asistente del Departamento de Derecho Económico de la Facultad de Derecho de la Universidad de Chile y ha sido profesor invitado en cursos de postgrado relativos a propiedad intelectual e industrial en la Universidad Diego Portales y la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Además es árbitro del Centro de Resolución de Controversias NIC Chile y miembro de la nómina de árbitros de la Corte de Apelaciones de Santiago para el bienio 2017-2018.

Juan Francisco es Voluntario Endeavor desde 2015.